EDI-moduulit koostuvat tyypillisesti useista avainkomponenteista, jotka yhdessä standardisoivat ja automatisoivat tiedonsiirtoa yritysten välillä. Yleisesti ottaen ne voidaan jakaa datan muunnoskerrokseen, viestinnän siirtokerrokseen, liiketoimintakartoituskerrokseen ja järjestelmäintegraatiokerrokseen, joilla kullakin on omat vastuunsa.
Tietojen muunnos- ja kartoitusmoduuli on yksi EDI:n ydinkomponenteista. Se vastaa yrityksen sisäisten järjestelmien raakatiedon (kuten ERP- tai CRM-tietojen) muuntamisesta standardimuotojen, kuten EDIFACT tai ANSI X12, mukaisiksi EDI-viesteiksi. Samanaikaisesti se vastaa myös ulkoisten kumppaneiden tietojen käänteisestä jäsentämisestä ja muuntamisesta strukturoiduksi dataksi, jonka yrityksen sisäiset järjestelmät tunnistavat. Kenttäkartoitussäännöillä ja tietojen validointisäännöillä on ratkaiseva rooli tässä prosessissa.
Viestintä- ja siirtomoduuli vastaa ensisijaisesti EDI-sanomien turvallisesta välittämisestä eri yritysten välillä. Yleisiä menetelmiä ovat VAN-verkot, AS2-protokollat tai API-pohjaiset lähetysmenetelmät. Tämä moduuli sisältää tyypillisesti myös viestijonot, uudelleenyritysmekanismit ja lähetyksen tilan valvonnan luotettavan tiedon toimituksen varmistamiseksi myös monimutkaisissa verkkoympäristöissä.
Järjestelmän integrointi- ja hallintamoduulia käytetään EDI-ominaisuuksien upottamiseen yrityksen olemassa oleviin liiketoimintajärjestelmiin. Se on yleensä syvästi integroitu ERP-, WMS- tai toimitusketjun hallintajärjestelmiin liiketoimintaprosessien, kuten tilausten käsittelyn, toimituksen ja täsmäytyksen, automatisoimiseksi. Samalla tämä moduuli tarjoaa lokiin, poikkeusten käsittelyyn ja seurantaan liittyviä toimintoja, jotka helpottavat yritysten tiedonvaihtoprosessien seurantaa ja hallintaa.