MBR-kalvojen rutiinihuolto vaatii jatkuvaa hallintaa, tyypillisesti tunneittain tai päivittäin. Esimerkiksi ilmastusjärjestelmien on toimittava 24 tuntia vuorokaudessa lietteen kertymisen estämiseksi kalvon pinnalle. Säännöllinen online-takaisinhuuhtelu suoritetaan käytön aikana, yleensä muutaman minuutin - kymmenien minuuttien välein, jotta kalvovirta pysyy vakaana. Tämä vaihe on jatkuvaa huoltoa, eikä se sisällä seisokkeja.
Säännöllinen huolto tehdään yleensä viikoittain tai kuukausittain. Intensiivinen vastahuuhtelu tai korjaava puhdistus suoritetaan noin 1–4 viikon välein vähitellen kerääntyneiden orgaanisten epäpuhtauksien ja hiukkasten tukkeutumisen poistamiseksi. Jos järjestelmä toimii huonolla vedenlaadulla tai suurella kuormituksella, huoltotiheyttä lisätään, jotta estetään transmembraanisen paine-eron (TMP) jatkuva nousu.
Perushuolto ja kemiallinen puhdistus tehdään yleensä 3–6 kuukauden välein. Kemiallinen puhdistus (CIP) käyttää aineita, kuten natriumhypokloriittia ja sitruunahappoa, poistamaan palautumattomia epäpuhtauksia. Järjestelmissä, joissa käyttöolosuhteet ovat paremmat, sykliä voidaan pidentää 6–12 kuukauteen tai jopa pidemmäksi. Kohtuulliset huoltojaksot voivat pidentää merkittävästi kalvobioreaktorin käyttöikää ja ylläpitää vakaata jäteveden suorituskykyä.